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GS Junior對腸出血性大腸桿菌全基因組測序能獲得較完整的裝配數(shù)據(jù)

作者：Health Protectio… 來源：Health Protection Agency 發(fā)布時間： 2011-06-21 08:17　瀏覽次數(shù)：

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據(jù)454 基因組研發(fā)總監(jiān)Chinnappa Kodira介紹：盡管腸出血性大腸桿菌的部分片段一周前通過短讀長測序平臺獲得了初步結(jié)果，但整個基因組的裝配工作還未完成；整個基因的排布、內(nèi)容等判斷腸出血性的機理還有待進(jìn)一步數(shù)據(jù)的完善得出結(jié)論；因此英國健康保護(hù)局相繼開始在454 GS Junior的平臺上對O104株型進(jìn)行更完整的解讀，并于6月14日之前將迄今最完整的基因組數(shù)據(jù)上傳至NCBI。

當(dāng)前通過454獲得了完整的基因組裝配序列，裝配的完整性對于了解基因組結(jié)構(gòu)，特別是如何獲得致病性基因具有特別的意義，因其可判斷致病性基因區(qū)段如何通過水平基因轉(zhuǎn)移機制形成當(dāng)前的致病株，以及整個進(jìn)化、推進(jìn)的全過程。結(jié)果顯示致病株整合了來自其他兩個株型的基因序列形成了兩段特別的基因組序列與質(zhì)粒序列，很可能對就是致病性產(chǎn)生的機制，這樣的隨機整合使O104不再平凡。

這場令數(shù)十人喪生，數(shù)千人入院治療的疫情牽動了來自全球各地疾病控制中心與健康保護(hù)機構(gòu)的神經(jīng)，生命的脆弱帶來的震動對于一探究竟的科研工作帶來了無限動力；貫以長序列讀長病原微生物檢測，宏基因組研究著稱的454測序平臺成為此次解密當(dāng)仁不讓的選擇，而對于此類基因組較小的物種，精巧型的測序平臺GS Junior完全可以勝任。使用454 GS Junior平臺完成一次測序僅需10小時，由于獲得的序列讀長較長，2小時內(nèi)完成數(shù)據(jù)處理。

454 CEO Christopher McLeod 說，很欣慰能夠看到454測序技術(shù)在人類健康研究中做出的貢獻(xiàn)"，可以在疫情爆發(fā)事件中提供快速、高質(zhì)的基因組數(shù)據(jù)，為診斷與醫(yī)療提供強有力的數(shù)據(jù)是454 技術(shù)致力不變的發(fā)展方向。

羅氏的診斷部門在成功收購德國寶靈曼公司（Boehringer Mannheim GmbH.）后，成立了專業(yè)服務(wù)于科學(xué)研究領(lǐng)域用戶的羅氏應(yīng)用科學(xué)部（Roche Applied Science），憑借半個多世紀(jì)在生命科學(xué)研究領(lǐng)域積累的經(jīng)驗，羅氏應(yīng)用科學(xué)部已成為在此領(lǐng)域中具領(lǐng)先地位的試劑及系統(tǒng)供應(yīng)商之一。從耗時少的，全自動的樣本制備系統(tǒng)（MagNA Lyser和 MagNA Pure），到快速精準(zhǔn)的卡盤式LightCycler? 2.0 和模塊式高通量LightCycler? 480 系列熒光定量 PCR儀，以及創(chuàng)新的超高通量基因組測序系統(tǒng) Genome Sequencer FLX System、GS Junior System 和 NimbleGen.高密度 DNA 芯片，羅氏應(yīng)用科學(xué)部研究和開發(fā)了多種應(yīng)用于分子生物學(xué)相關(guān)研究領(lǐng)域的產(chǎn)品――廣泛地應(yīng)用在基因組學(xué)和蛋白組學(xué)研究中。秉承不斷投入創(chuàng)新的精神，羅氏近年來在細(xì)胞學(xué)領(lǐng)域不斷加大投入，最新推出的創(chuàng)新xCELLigence實時、無標(biāo)記細(xì)胞分析系統(tǒng)和細(xì)胞計數(shù)和分析領(lǐng)域的領(lǐng)軍品牌Innovatis，為細(xì)胞學(xué)基礎(chǔ)研究、藥物研發(fā)和生產(chǎn)流程控制提供了高效的篩選和檢測工具，構(gòu)建了一套從基因組學(xué)方面到細(xì)胞組學(xué)方面的高效、完整研究解決方案。

## 關(guān)于454 ##

454是第一家新一代測序技術(shù)的締造者，基于焦磷酸測序的基本原理，將其優(yōu)化為迄今為止可達(dá)1Kbp單一序列讀長的測序平臺，以其長序列讀長測序保持著在領(lǐng)域內(nèi)無法替代的應(yīng)用地位；2007年位于美國Branford 的454公司被羅氏收購，整合至羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部，成為其最重要的產(chǎn)品線之一，為探索新一代測序技術(shù)在人類健康事業(yè)中的應(yīng)用而奮力前行。

信息來源：

1 Health Protection Agency press release June 13, 2011: http://www.hpa.org.uk/NewsCentre/NationalPressReleases/2011PressReleases/110613Ecoligenome/

使用454平臺測得的腸出血性大腸桿菌基因組數(shù)據(jù)已上傳至NCBI，可在如下鏈接進(jìn)行下載：
2 The sequence data can be viewed on the NCBI website http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
The GeneBank Project ID is 67929 and the accession number is afpn00000000. The data can also be viewed on the HPA website: www.hpa-bioinformatics.org.uk/lgp/genomes.

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