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          生物資訊

          PLoS ONE: 新海洋病毒可編碼功能性miRNA

          作者:admin 來源:中科院南海海洋研究所 發(fā)布時(shí)間: 2011-11-14 08:58  瀏覽次數(shù):
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          石斑魚虹彩病毒編碼的miRNA研究取得進(jìn)展

          中科院海洋生物資源可持續(xù)利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(依托于南海海洋研究所)秦啟偉研究員領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì),在海洋病毒編碼的miRNA研究方面取得突破性進(jìn)展。團(tuán)隊(duì)成員閆陽博士等首次鑒定并驗(yàn)證了一種新的海洋病毒——石斑魚虹彩病毒能夠編碼功能性miRNA。研究成果已于近日發(fā)表在國際知名的綜合類學(xué)術(shù)期刊《公共科學(xué)圖書館—綜合》(Yan ,et al. 2011. Identification of a Novel Marine Fish Virus, Singapore Grouper Iridovirus-Encoded MicroRNAs Expressed in Grouper Cells by Solexa Sequencing. PloS ONE. 2011. 6(4): e19148)。

          虹彩病毒(iridovirus)是一類廣泛感染無脊椎和低等水生脊椎動物的大分子DNA病毒,對海洋野生動物種群和海水養(yǎng)殖動物造成極大威脅。石斑魚虹彩病毒(Singapore grouper iridovirus, SGIV)是該團(tuán)隊(duì)從海水養(yǎng)殖石斑魚體中分離出的一種新的高致病性虹彩病毒,是中國和東南亞海水養(yǎng)殖魚類最重要的病毒性病原之一。然而,目前對SGIV感染致病的分子機(jī)理尚不十分清楚,缺乏有效的防治手段。

          病毒編碼的miRNA研究方興未艾,因其長度較短、沒有免疫原性等特點(diǎn)而成為治療疾病的新型靶點(diǎn)。團(tuán)隊(duì)為揭示SGIV在其感染過程中是否編碼miRNA,將感染了SGIV不同時(shí)期的石斑魚胚胎細(xì)胞混合后構(gòu)建小RNA庫,進(jìn)行Illumina/Solexa RNA深度測序。通過一系列生物信息學(xué)分析,最終確定16條SGIV編碼的miRNA序列,其中一條與2型單純皰疹病毒編碼的miR-H4-5p具有高度同源性,提示miRNA在遠(yuǎn)緣病毒種中具有一定的保守性。這16個(gè)新發(fā)現(xiàn)的miRNA散在分布于SGIV基因組中,其中三個(gè)定位于ORF057L。同時(shí)發(fā)現(xiàn)SGIV編碼的miRNA在其3' 端或5' 端存在序列或長度的異質(zhì)性,可能會影響其與靶基因的識別。熒光定量PCR及熒光素酶報(bào)告基因分析了這16個(gè)miRNA的表達(dá)水平和潛在的生物學(xué)活性,證實(shí)其中11個(gè)miRNA確實(shí)存在于SGIV感染的石斑魚胚胎細(xì)胞中,并發(fā)揮生物學(xué)功能。

          以前只有人類和哺乳動物編碼miRNA的研究報(bào)道,其中報(bào)道較多的為皰疹病毒科的各成員。該研究首次在國際上證實(shí)了海洋病毒也可以編碼功能性miRNA,將miRNA研究推向了一個(gè)新的層次。

          該項(xiàng)研究受到國家杰出青年基金、國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究計(jì)劃(“973”計(jì)劃)和中科院知識創(chuàng)新工程重要方向項(xiàng)目資助。

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