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          生物資訊

          The Scientist:F1000基因組學(xué)和遺傳學(xué)七大新聞(2011.9.15)

          作者:towersimper編譯 來源:生物谷Bioon.com 發(fā)布時(shí)間: 2011-12-05 09:25  瀏覽次數(shù):
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          HIV從細(xì)胞膜出芽生長(zhǎng),圖片來自維基共享資源

           

          1. RNA熒光標(biāo)記
          一種用來標(biāo)記和追蹤活細(xì)胞中RNA過程的新技術(shù),有望像綠色熒光蛋白(GFP)開啟蛋白質(zhì)研究那樣打開RNA生物學(xué)研究。這種標(biāo)記方法由結(jié)合到GFP類似熒光素的短RNA序列組成,能夠產(chǎn)生很多顏色的熒光。這些RNA-熒光素復(fù)合物然后能夠融合到細(xì)胞中的RNA分子。
          J.S. Paige et al., “RNA mimics of green fluorescent protein,” Science, 333:642-46, 2011.

          2. 意外發(fā)現(xiàn)新的分子伴侶Spy
          研究人員在測(cè)試基因工程菌大腸桿菌在體內(nèi)使得不穩(wěn)定的蛋白質(zhì)穩(wěn)定化的能力的過程中,偶然間發(fā)現(xiàn)一種新的蛋白分子伴侶Spy,而且該分子伴侶能夠抑制蛋白聚集并輔助蛋白重折疊。Spy的塑造不同于其他任何以前研究過的分子伴侶,它能夠多達(dá)700倍地增加一組不穩(wěn)定的蛋白突變體的穩(wěn)態(tài)水平。
          S. Quan, et al., “Genetic selection designed to stabilize proteins uncovers a chaperone called Spy,”Nat Struct Mol Biol, 18:262-69, 2011.

          3. 全局基因表達(dá)
          采用一種稱作平行代謝脈沖標(biāo)記(parallel metabolic pulse labeling)的技術(shù),研究人員測(cè)量了5000多個(gè)哺乳動(dòng)物基因的mRNA和蛋白豐度及其周轉(zhuǎn)速度,因而也是迄今為止第一次在基因組范圍內(nèi)預(yù)測(cè)mRNA和蛋白質(zhì)的合成速率。這些結(jié)果表明細(xì)胞中的蛋白質(zhì)豐度主要是在轉(zhuǎn)錄水平進(jìn)行調(diào)控的。
          B. Schwanhäusser et al., “Global quantification of mammalian gene expression control,”
          Nature, 473:337-42, 2011.

          4. DNA為何斷裂
          染色體不穩(wěn)定性---基因組中某些位點(diǎn)在復(fù)制壓力下傾向于發(fā)生斷裂---能夠?qū)е履[瘤發(fā)生。以前的研究表明這種常見的脆弱位點(diǎn)傾向于產(chǎn)生斷裂,因?yàn)樵趶?fù)制期間產(chǎn)生的二級(jí)結(jié)構(gòu)阻止復(fù)制叉形成。相反,這篇研究表明至少一個(gè)位點(diǎn)FRA3B甚至在很少有復(fù)制事件啟動(dòng)的時(shí)候也是不穩(wěn)定的,這就意味著肯定存在另一種機(jī)制導(dǎo)致這個(gè)位點(diǎn)的脆弱性。
          A. Letessier et al., “
          Cell-type specific replication initiation programs set fragility of the FRA3B fragile site,” Nature, 470:120-23, 2011.

          5. 奇特的大西洋鱈免疫機(jī)能
          大西洋鱈(Atlantic cod)全部基因組序列揭示這種魚已丟失兩種在免疫性能上發(fā)揮關(guān)鍵作用的MHCII和CD4基因。明顯是作為補(bǔ)償,這種鱈基因組顯示MHCI基因座位得到極大地?cái)U(kuò)增,含有獨(dú)特的一套Toll樣受體---免疫系統(tǒng)中另一種重要的組分。
          B. Star et al., “The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system,” Nature, 477:207-10, 2011.

          6. 逃避自然殺傷細(xì)胞導(dǎo)致的死亡
          就像T細(xì)胞能夠給HIV施加壓力讓它適應(yīng)逃避識(shí)別,現(xiàn)在自然殺傷細(xì)胞似乎也能驅(qū)使HIV進(jìn)化。研究人員在HIV-1毒株中鑒定出多態(tài)性,以便阻止特異性自然殺傷細(xì)胞免疫球蛋白樣受體(killer immunoglobulin-like receptor, KIR)激活該殺傷細(xì)胞。
          G. Alter et al., “HIV-1 adaptation to NK-cell-mediated immune pressure,” Nature, 476:96-100, 2011.

          7. 細(xì)胞年輕的分子源泉?
          復(fù)雜性有機(jī)體的細(xì)胞有能力從根本上復(fù)位它們的年齡,是通過細(xì)胞分裂成配子(gamete)的方式進(jìn)行的,而且這些配子會(huì)相互結(jié)合產(chǎn)生新的有機(jī)體。如今,研究人員已確定至少一種分子組分---酵母NDT80基因---使得這種能力成為可能。在沒有正在進(jìn)行配子發(fā)生的
          酵母細(xì)胞中短暫表達(dá)NDT80基因也能夠使得它們的壽命復(fù)位。
          E. Unal et al., “Gametogenesis eliminates age-induced cellular damage and resets life span in yeast,”Science, 332:1554-47, 2011.

          F1000基因組學(xué)和遺傳學(xué)七大新聞 (Top 7)是為期30天的F1000基因組學(xué)和遺傳學(xué)領(lǐng)域成員們于2011年9月15日計(jì)算出來的基因組學(xué)和遺傳學(xué)及其相關(guān)領(lǐng)域方面的評(píng)級(jí)最高的論文的簡(jiǎn)要總結(jié)。F1000成員們?cè)谒麄兊难芯款I(lǐng)域?qū)ψ钪匾恼撐淖鞒鲈u(píng)價(jià)并評(píng)級(jí)。如果想要去看看最新的評(píng)級(jí)情況,可以搜索數(shù)據(jù)庫,閱讀每天的評(píng)價(jià)結(jié)果,具體情況訪問http://f1000.com。(生物谷Bioon.com:towersimper編譯)

          本文譯自Sabrina Richards, The Scientist, "Top 7 in Genomics & Genetics", September 19, 2011。

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