按(Muyzer et al. 1993)的原理，制作細菌（16S）、真菌（18S、ITS）、氨氧化細菌和古菌（amoA）、甲烷氧化菌（pmoA）等土壤微生物的變性梯度電泳圖，分析土壤微生物群落結構，進行PCA和RDA等多變量分析，建立與土壤性質和功能的聯系。
5.末端限制性片段長度多態(tài)性（T-RFLP）
按(Liu et al. 1997)的原理，分析細菌（16S）、真菌（18S、ITS）、氨氧化細菌和古菌（amoA）、甲烷氧化菌（pmoA）等土壤微生物的酶切片段多態(tài)性，分析群落結構，進行PCA和RDA等多變量分析，建立與土壤性質和功能的聯系。
6.實時熒光定量pcr（Real-time PCR）
7.穩(wěn)定同位素探針技術（SIP）
按(Neufeld et al. 2007)的方法，研究同化13C-或15N-底物（如13C-glucose，15N-Urea等）的活性功能微生物。
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參考文獻
1.Liu W T, Marsh T L, Cheng H and Forney L J 1997 Characterization of microbial diversity by determining terminal restriction fragment length polymorphisms of genes encoding 16S rRNA. Applied and environmental microbiology 63, 4516-4522.
2.Muyzer G, De Waal E C and Uitterlinden A G 1993 Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA. Applied and environmental microbiology 59, 695-700.
3.Neufeld J D, Vohra J, Dumont M G, Lueders T, Manefield M, Friedrich M W and Murrell J C 2007 DNA stable-isotope probing. Nature protocols 2, 860-866.
4.Saiya-Cork K R, Sinsabaugh R L and Zak D R 2002 The effects of long term nitrogen deposition on extracellular enzyme activity in an Acer saccharum forest soil. Soil Biology and Biochemistry 34, 1309-1315.
